黑虎洞与黑虎潭间的悬崖上有黑虎洞，与早阳洞隔涧相望，由黑虎潭边攀壁可到，深约4米，宽约10米。站在此处，可仰看山峦浮云飘逸，俯视涧底惊涛沸腾。
由黑虎殿去道院的路旁有青霞洞，深涧3米多，于洞内可观定心峰。相传明时道人陈明耀、张三丰曾栖居此洞。
青霞洞左上有丹霞洞，拾级而上至洞口。洞深34米，背风向阳，洞顶有口如天窗，常有道士栖居。
丹霞洞左侧斜上20多米的石壁上有卧云洞，宽7米，高3米。下林深涧，常有云雾。
北极宫大殿的南基阶下有龙门洞。洞口宽近3米，不知其深，传说北通崆峒山。清康熙初修建北极宫时将其封闭，镇以绘有盘龙图案及秀水二字的石板。1949年重修此殿时曾掘开洞口，因洞内冷风袭面，人不敢入，遂原封其口至今。
台上殿左侧天桥石壁上有飞仙洞，相传系南唐时谭峭弟子赵飞仙栖居之处。
王母宫右下峭壁上有列仙洞。下临深渊，无路可及。洞仅能容一人打坐。相传东周时列御寇曾住过此洞。
玉皇阁后石壁上有玉皇洞。由玉皇阁内沿木梯攀壁而上数步，有石壁高近3米，再引索而登即是。洞高、阔3米余，洞内钟乳石多姿，并有洞左右相通，深不可测，可通平凉崆峒山。洞内有凌空梯链可上达三清洞。
三清阁右上侧绝壁上有蜜蜂洞，洞口不足1米，无路可通，不知其深。夏秋季节，有成群蜜蜂出入洞口，弥漫灵台。
混元顶右侧有娄景洞，在诸洞中位置最高，相传为汉娄景先生炼丹之所。
药王殿后石崖间有八仙洞。洞口矮扁，沿洞俯行数步即有巨石挡道，侧身挤入后，或宽或窄，或高或低，钟乳石遍布，深不确知。传有刘姓道人自述，曾在洞中摸索三日，抵达玉皇洞。
定心峰左下悬崖间有莲花洞。由灵官殿下小道可通往。洞顶钟乳石呈莲花状，故名。
定心峰顶侧有心珠洞，洞口近2米，深约7米。
去早阳洞的栈道北端石崖下有青霓洞。洞口扁形，宽3米余。洞内多巨石堆积，形态奇异，甚为难行，狭矮处需躬身侧进。曲俯而下，深不可知，并隐约可闻水声。洞口四季常有雾涌出，遇阳光折射，五光十色，煞是壮观，故名。
龙门峡西朝元峰悬崖上有早阳洞。洞有3孔。主洞高6米，宽5米，深8米。上方有小洞为通气之窗。洞有两窟，内外相连。外洞口镶楹檐为屋，为祀奉药王孙思邈之龛洞，内洞阴湿沁冷。因洞口面向东南，太阳能最先照入而名。此洞位于峭壁之上，下临深渊，洞壁北沿崖架有栈桥铁链，长36米。俯视洞下，杳不见底，只闻峡谷中湍流轰鸣，冷风呼号，令人恐惧。清乾隆年间，甘肃靖远县道士陈明耀曾隐修此洞，行医募化，整修庙宇。石壁上刻有陈明耀诗句：身居早阳洞，云游遇仙桥。后道士刘一明来龙门洞，曾赋诗七绝一首咏此洞景象：百丈悬崖斧削同，危桥一通在虚空，若无大道真仙手，当面问天路不通。
从蹑云桥头西循朝元山麓有范阳洞，有小道沿早阳洞巅南行，跋涉约百米再下折即至。其洞与早阳洞间岩而并列于绝壁上。洞内分上下两层，下洞深3米余，有木梯和蜿蜒隧道可通上洞，上下洞南北壁间凿有窗洞采光。洞中复有小洞，深阔23米，有泉如盆，清澈甘洌，四季不涸。清初有道士范宗理栖此，时称范爷洞，后讹称范阳洞。
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