东宁地区明郑政权行政区除承天府外，陈永华建议升天兴县与万年县为天兴州、万年州。又于清水墘设置澎湖安抚司外加南北路两安抚司，这是东宁王国的一府、两州、三司。
以陈永华为总制，掌理国政，行宰相之职，陈永华治国方法与目标为：十年成长，十年教养，十年成聚，三十年与中国相甲乙。在陈永华的的筹划辅佐之下，设吏、兵、户、礼、刑、工计六部的行政机构。
陈永华更定官制后，下属都对延平郡王郑经改称臣而上奏，不再使用卑职。对理蕃事务，土蕃部落设之为社，社置酋长，以社中头目任之。计有四十六社。并在柴头港建烧砖火窑。
以承天府为中心，建十字街，分东安、西定、南宁、北镇四坊，坊置签首，理庶事。里有社，社置乡长，十户为牌，设牌首，十牌为甲，置甲长，十甲为保，设保长。
此外并种植甘蔗，制糖，建糖厂，自给之余运销日本、吕宋开辟新盐场在永宁濑口，改煎煮法为日晒法，改善盐的质量并外销日本、吕宋。赚取外汇充实国库。
对于田地的处理方式，土地是官有制，将接收荷兰人的土地和所开拓好的土地分为三类：
一、王田：从荷兰人接手的王田改称为官田。
二、私田：名为私田，但非民所有，乃是由郑氏宗族、文武官员招募佃农耕作的私有田地。此种田税赋特轻。又称文武官田。
三、营盘田：由军队所开拓的土地。
陈永华的屯垦，目的是在寓兵于农，此时作了件令后代台湾人赞美的事，即由军队和民间开拓者并肩推动，双管齐下，拓成了纵贯台湾西部平野，各处遍地开花式地开拓据点。
从台南附近的曾文溪及二层行溪开始，建设大规模的公爷陂，王有潭、甘棠潭等水利灌溉系统。陂即埤，是水利建设，凡筑堤潴水灌田，谓之陂。不用筑堤，疏凿溪迫，引以灌田，称之为圳。潭为聚水之处。明郑时期所凿之陂、潭，遗留至今仍有多处。
南路的开拓由打狗扩至左营一带的下淡水溪下游凤山及打狗一带，如大湖陂、三镇陂、中冲陂、北领旗陂、左营陂、赤山陂、乌树陂、三爷陂、仁武陂。又有一支从车城登陆而延至琅桥等地。
北路的开拓群才是主力，分为下列六条路线：
一、从大坵田蚊港、魍港登陆，扩展至麻豆、昔苳、新营、诸罗嘉义、盐水港等。
二、从鹿港到达半线彰化、大肚等地。
三、从大安登陆到大甲、苗栗一带。
四、从旧港至竹堑新竹。
五、从南嵌至盘坑、桃涧桃园、大科崁大溪。
六、从淡水河溯河而上至唭里岸、芝兰堡士林、大直、鸡笼、金包里等地。
对土地的开发，要求增产首先就是将耕地面积加大，这就需要更多的人力补充。陈永华对此建议郑经严令将将士的眷属迁台，同时又招纳流亡。将士的眷属迁台另有一好处即是使将士减少逃亡。
在满清实施禁海令时有很多百姓丧家废业，这些依海为生的人民，迁界以后无家可归，无业可营，故有很多人饿死。尚末饿死者也不顾禁命，拚命向郑经的东宁王朝投靠。
东宁王朝在陈永华的努力下只花了三年时间，即到了今年开垦已有成效，今年是个大丰收年。要不是因为大部队在大陆全面溃败来台，锱重、粮草、勇将、精锐全部留给敌人，以至于食指浩繁，否则今年应该是很好过才对。
而这些散兵游勇则成为俗称罗汉脚的滥觞，这些人多数无宅无妻子，不士不农，不工不卖，单身游食四方，随处结党，械斗树旗，靡所不为，成为地方一害，治安死角。
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